1. Obdelava globokih lukenj je v zaprtem ali pol zaprtem stanju, zato stanja rezanja orodja ni mogoče opaziti neposredno.
2. Rezanje toplote ni enostavno širiti. Na splošno 80% sekalne toplote odnašajo žetoni v postopku rezanja, medtem ko le 40% pri vrtanju globokih lukenj. Orodje za rezanje predstavlja velik delež sekalne toplote. To je enostavno diffuse pozno in se greje, in rezanje temperature lahko doseže 600 stopinj. Zato je treba sprejeti metodo prisilnega in učinkovitega hlajenje.
3. Čipov ni enostavno izpustiti. Zaradi globine luknje in dolge poti čipa je enostavno blokirati, zaradi česar se košček zlomi. Zato je treba nadzorovati dolžino in obliko čipov, opraviti pa je treba obvezno odstranjevanje čipov.
4. Togost procesnega sistema je slabo. Zaradi omejitve velikosti luknje je razmerje dolžine premera luknje veliko, vrtalna cev je tanka in dolga, togost je revna, lahko je proizvajati vibracije, vrtalna luknja pa je enostavna za odstopanje, zato je zelo pomembno, da jo podprete in vodite.
Za pravilno usmerjanje bita v vrtalni stroj se običajno sprejme metoda obdelave vrtalne luknje na obdelovalnem delu ali z uporabo vodilnega rokava, prejšnja se uporablja za obdelavo posameznih kosov, slednje pa za izdelavo serije. Napaka pri vrtanju globoke luknje je posledica vrzeli med bitom in vodilnim rokavom (vodilna luknja), poveča pa se s povečanjem aksialne sile. Vpliv očistek med vodilnim rokavom in ugrizom na napako pri vrtanju. Na začetku vrtanja radialna sila pritisne bitni vodilni blok do luknje stene vodilnega rokava. Zaradi vrzeli med obema, center bita odstopa od vrtljivega središča obdelovanja. V tem trenutku je premer vrtane luknje manjši od premera bita. Ko začne vodilni blok vstopati v strojno luknjo, se pod delovanjem stene luknje z nekoliko manjšim premerom zunanjega roba stisne navzven, tako da je središče vrtalnega bita preusmerjano v nasprotno smer do vrtalnega središča obdeloda, tako da se premer luknje razširi , in trenje med vodilnim blokom in steno luknje je stisnjena, tako da vrtanje navor hitro poveča.
